DeSmuMe
「デスミュ・ミー」って読むらしいです。
オープンソース。
Ubuntuのパッケージマネージャにあったので試して見ましたが、
動作は軽快です。
音声にノイズが入るのが気になる・・・
追記
ソフトによっては軽快に動く場面もあるようだが、基本的に重いと思う。（ハイスペックPCなら問題ないと思うが）
Linux版は、GTK版だと、フレームスキップ設定時にリミットが効かないようで、ちょうどいい速度で動かせない。
音声にノイズが入るのも、速度の問題ぽい。
音声があまり良くないと思うので、ボイスのあるゲームはあまり良くない。
速度が遅くてもあまり問題ないゲームはプレイ可能。
タイトルによっては画面が映らないなど、致命的なものもある。